军山为海中岛屿时，相传曾为秦王屯兵之所，因形似伏象，又名象山。俯瞰军山，山水相依自然构成一幅八卦图。

明代山西高僧法空驻锡军山，创建普陀别院，狼山总兵题榜山门，著名书法家董其昌撰写了《军山普陀别院碑记》，认为与浙江普陀山相比“不减珞珈真境”。寺庙、庵堂曾多达百余处，为昔日东南佛门圣地。山上古迹有：燕真人洞、白云泉、四贤祠、包公祠、董其昌碑刻及中国历史上最早的民办气象台等。

重修后的普陀别院，坐北朝南，依据山形呈梯次式结构。圆通宝殿供奉的是千手观音，翡翠观音楼则供奉着一尊世界上最大的翡翠坐像观音，院内两侧长廊绘有33应身观音石刻像，引人入胜的佛教观音文化在此得以集中、充分表现。景区有牌楼、中国第一观音净瓶、江海第一瀑布、观瀑廊、望江台、潇湘榭等几十处景观，并可置身于清碧涧溪、葱茏山体林木间体验高空拓展、儿童乐园的无限乐趣。

景区将依托军山自然风光，江海情韵，结合南通“近代第一城”“中国第一长寿之乡”的盛誉，进一步开发建设。