江苏省南通狼山旅游度假区管理办公室设7个职能机构。
（一）党政工作局
负责党务、纪检、宣传业务工作，负责政治理论教育、思想政治工作和精神文明建设；承担党委落实全面从严治党、党风廉政建设主体责任具体工作；承担机关党组织日常工作；负责做好组织人事（老干部）、劳动及社会保障工作；负责干部队伍教育培训、监督、管理具体工作；协调行政事务工作，负责目标管理制定、分解、督促检查和考核工作；负责文秘、政务信息工作；负责起草工作计划、工作总结、综合报告及文件；负责文件收发、传阅、催办；负责机关报刊收发和印信使用管理；负责做好保密和档案工作；承担信访、政府12345热线处置具体工作；负责办理人大代表建议、政协委员提案工作。
（二）建设局
负责与规划、国土、建设等行政主管部门的沟通协调；协助市有关部门完成旅游度假区、风景名胜区、森林公园规划编制工作；根据风景名胜区管理条例，依法对辖区建设项目进行初步审查；负责重大项目建设；负责组织并督促进区项目搞好工程招投标，抓好建设（建筑）工程管理，参与组织建设项目的竣工验收；负责市政环卫、园林绿化、道路水利、地质灾害等工程实施及维护工作；协调处理生态环保和污水处理工作；协调通信、电力、供水、供气等部门，做好区域内公共基础设施配套建设。
（三）景区管理局（应急管理局）
负责后勤保障（物资采购）、办公用房（房屋修缮）、固定资产管理及维修工作；负责绿化养护、卫生保洁、环境保护、文物保护、名木古树保护工作；负责风景名胜区和森林公园资源保护管理；牵头负责对部门单位日常管理指导、监督和考核工作；负责安全生产（消防）工作的综合监督管理；协调解决安全生产中的重大问题，参加应急救援与事故调查处理；协调旅游度假区重大危险源监控和重大事故隐患整改工作；负责组织职工进行安全、消防培训、现场演练；负责对交通、通讯、电力、供水、排水等公共基础设施的监管工作。
（四）财政局
负责机关行政事业经费管理工作；编制并执行年度财政预算和收支决算；负责收入管理、调度、平衡工作；负责基础设施建设项目、征用土地和其他项目所需资金的筹措；负责支出管理，制定、执行相关审批流程、制度；负责各项票据管理和审核；负责国有资产的登记、资产管理制度的制定和清产核资工作；负责编制财务报表；负责财务审计工作。
（五）旅游工作局
负责旅游度假区、森林公园、5A景区创建工作；负责旅游服务质量监督管理、旅游诚信体系建设、旅游从业人员业务培训、旅游数据统计及综合分析、旅游接待服务工作；牵头协调文明城市创建工作；牵头负责对外宣传、网站建设、舆情处置、消费投诉、旅游资源档案归集、新闻发言工作；负责旅游营销工作，承担旅游文化、形象、活动、产品的策划、研发及推广工作。
（六）经济发展局
负责编研发展计划、产业规划；负责招商工作，承担服务业及旅游业项目服务工作；负责经济运行管理工作，承担经济指标分解、落实、考核，产业数据统计及综合分析工作；负责经营性资产管理工作，承担旅游度假区管理范围内资产档案整理、出租及日常管理工作。
（七）综合治理工作局
牵头协调城市管理和环境综合治理工作；牵头协调社会治安综合治理和平安法治建设工作；牵头协调重大活动安全保卫工作；牵头协调城市管理、景区管理、旅游管理、文物管理等领域的行政执法活动。